麻豆區衛生所成立於民國四十二年，原址設於麻豆女子公學校舊址(鄰近興民街、三民路路口)，當時以三間教室空間改設為衛生所的辦公處所。首任主任由陳省吾擔任。當時由於設備簡陋，又兼交通不方便，業務一直未臻理想，但陳主任慘澹經營，表現優異，乃於民國四十五年五月榮調台南縣衛生局服務。主任一職改由崔達繼任，四十七年十月崔氏因醫術精湛，榮調台北榮民總醫院服務，主任改調原七股鄉衛生所主任李瑞儒接充。
民國五十年十月，原本所衛生所舊址，因不敷業務使用，由農復會(今農委會)補助專款並配合地方財源，在原麻豆舊街役場(即今老人文康中心)興建新所。七十二年十一月台灣省衛生處補助款興建新所（即興國路現址），擇吉遷址辦公。民國六十四年八月李瑞儒主任辭職，省令由本所檢驗員李昭進兼代主任職。為因尚缺主任兼醫師，故自六十四年九月起由省立台南醫院，按月輪派醫師下鄉支援。六十六年十一月至八十二年七月由曾洪醫師接任主任。八十二年八月至八十七年三月由華恆輝主任兼醫師。八十七年四月起由陳顯信主任兼醫師，至八十八年十月陳員調派白河鎮衛生所。八十八年十一月起由周明宏醫師兼任主任，至九十九年一月退休。續九十九年三月起由莊鴻權醫師兼任主任。同年十二月二十五日應臺南縣市合併，機關名稱改為臺南市麻豆區衛生所。
民國八十年因應業務需求，在衛生局第五課(今國民健康科)盧富美課長規劃下，開始編制護產負責人職務，由公共衛生護士甄選一人擔任，首任護產負責人由戴珠護士擔任。至八十九年配合組織編制變更作業，護產負責人職稱正式改為兼派護理長，各衛生所新增護理師編制，由護理師職別兼任護理長，並始領有主管津貼。首任兼派護理長由陳雀護理師兼任。九十二年十月陳員因調派台南縣南科國小，同年由謝秀屘護理師兼任。九十三年九月謝員調派台南縣西埔國小，同年由陳羿紋護理師兼任。至九十四年三月陳員調派永康衛生所兼主任職，續由林珍琴護理師兼任。
目前人員編制有醫師1人(兼任所長)、醫檢師1人、課員1人、護理師5人(1人兼任護理長)、技術單工2人(批價、掛號)共10人。
於開辦之初，除辦理一般門診外，對預防保健工作微乎其微。八十一年七月成立群體醫療療中心，擴大門診看診作業。幸經歷任主任及全體員工之努力，政府當局之支持，目前除上述兩項工作亦全面擴大外，並加強辦理家庭計劃、婦幼衛生保健、學校衛生輔導、防虐、防癆、工業衛生、民防、災害救護、醫藥政業務、衛生檢驗工作、環境衛生及食品衛生、傳染病防治、各種預防注射、健康篩檢等工作，對保障人民生命，進而延長壽命，深具績效。
以上資料於九十九年十月，由吳慶興先生口述(衛生所保健員退休)
九十九年因臺南縣市合併，機關改名為-臺南市麻豆區衛生所。